Vai depender do tipo de serviço prestado:
Se a intermediação realizada for remunerada por comissão, a nota fiscal deverá ser emitida contra o fornecedor (hotel, locadora, operadora, dentre outros) pelo valor de comissão.
Quando a agência cobrar taxa de serviço do cliente ou efetuar venda de passagem aérea remunerada por DU/RAV, deverá emitir a nota fiscal contra o cliente sobre o valor da taxa.
Mas, se a agência agregar ao preço de custo dos fornecedores valor a ser cobrado do cliente, ou seja, sobre o preço neto acrescentar sua margem de lucro (Mark-up) deverá emitir a nota fiscal para o cliente sobre esse valor.