Sim, considerando algumas regras:
Dentro do mês de emissão a nota fiscal pode ser cancelada normalmente, porém quando se tratar de nota fiscal do mês anterior pode ser cancelada enquanto o ISS não for recolhido, sendo o prazo máximo de 180 dias.
Caso o ISS já tenha sido pago ou ultrapassado o prazo de 180 dias nos demais casos, o cancelamento poderá ser feito através de processo administrativo.
Clique em: consulta de notas/consulta de NFS-e/selecione o mês e ano/notas emitidas, ao abrir a lista basta clicar em cancelar na linha correspondente a nota fiscal em questão.